ترجمه مقاله "روشهای MCMC برای مدل های امیخته خطی تعمیم یافته چند-پاسخی: بسته MCMCglmm "
| دسته بندی | آمار |
| فرمت فایل | zip |
| حجم فایل | 643 کیلو بایت |
| تعداد صفحات فایل | 13 |
ترجمه مقاله "روشهای MCMC برای مدل های امیخته خطی تعمیم یافته چند-پاسخی: بسته MCMCglmm "
چکیده
مدل آمیخته خطی تعمیم یافته یک چارچوب انعطاف پذیر برای مدل سازی طیف وسیعی از اطلاعات فراهم می کند، هر چند که با متغیرهای پاسخ دهی غیر-گاوسی نمی توان احتمال را در قالب بسته به دست آورد. روش زنجیره مارکوف مونت کارلو[1] با نمونه برداری از یک سری از توزیع های شرطی ساده که می تواند مورد بررسی قرار گیرد، این مشکل را حل میکند. بسته MCMCglmm R ، چنین الگوریتمی را برای طیف وسیعی از مشکلات برازش مدل اجرا میکند. بیش از یک متغیر پاسخ می تواند به طور همزمان مورد تجزیه و تحلیل قرار گیرد ، و این متغیرها مجاز به پیروی از توزیع گاوسی[2]، پواسون[3]، چند (دو) اسمی، نمایی، تورم صفر و سانسور شده[4] است. طیف وسیعی از سازه ها واریانس برای اثرات تصادفی مجاز هستند، از جمله تعامل با متغیرهای قیاسى و یا پیوسته (به عنوان مثال، رگرسیون تصادفی) و ساختار واریانس پیچیده تر که از طریق دودمان مشترک بوجود می آیند، چه از طریق شجره یا چه از طریق تکامل نژادى. مقادیر گمشده در متغیر پاسخ (ها) مجاز است و داده ها تا سطحی از خطای اندازه گیری در متاآنالیز می تواند شناسایی شود. همهی شبیه سازی ها در C/ C++ با استفاده از برنامه CSparse برای سیستم های خطی پراکنده انجام میشود. اگر شما نرم افزار استفاده میکنید لطفا به این مقاله که در مجله Statistic Software منتشر شده (Hadfield 2010) استناد کنید.
کلمات کلیدی: MCMC ، مدل آمیخته خطی ، شجره ، تکامل نژادى ، مدل حیوانی، چند متغیره، پراکنده، R.
با توجه به انعطاف پذیری مدل های آمیخته خطی، در حال حاضر آنها به طور گسترده ای در علوم مختلف استفاده می شوند (Brown and Prescott 1999; Pinheiro and Bates 2000; Demidenko 2004). با این حال، تعمیم این مدل به داده های غیر گوسی دشوار است زیرا یکپارچه سازی اثرات تصادفی مقاوم مشکل است (McCulloch and Searle 2001). اگرچه تکنیک هایی که این انتگرال ها را تقریب میزنند (Breslow and Clayton 1993) در حال حاضر مرسوم هستند، روش زنجیره مارکوف مونت کارلو (MCMC) یک استراتژی جایگزین برای به حاشیه راندن عوامل تصادفی قوی تر ارائه میکند (Zhao, Staudenmayer, Coull, and Wand 2006; Browne and Draper 2006) پژوهش بر روی توسعه روش MCMC برای تعمیم مدل های آمیخته خطی (GLMM) بسیار فعال است (Zeger and Karim 1991; Damien, Wakefield, and Walker 1999; Sorensen and Gianola 2002; Zhao et al. 2006). و در حال حاضر چندین بسته نرم افزاری برای اجرای این تکنیک موجود است (به عنوان مثال WinBUGS (Spiegelhalter, Thomas, Best, and Lunn 2003), MLwiN (Rasbash, Steele, Browne, and Prosser 2005), glmmBUGS (Brown 2009), JAGS (Plummer 2003)). با این حال، این روش اغلب نیازمند تجربه و تخصص کاربر بوده و ممکن است محاسبه زمانبر باشد. بسته MCMCglmm برای R (تیم هسته توسعه R[5]، 2009) از روش زنجیره مارکوف مونت کارلو برای دستیابی به چند پاسخ تعمیم مدل های خطی آمیخته استفاده میکند. طیف وسیعی از توزیع ها پشتیبانی می شوند و انواع مختلفی از ساختار واریانس برای اثرات تصادفی و باقی مانده می تواند اجرا شود. هدف ارائه روشی است که به تخصص کم کاربر نیاز داشته در حالی که میزان زمان محاسبات لازم برای توزیع کافی نمونه را کاهش میدهد.
در این مقاله ما ساختار بنیادین GLMM و سپس به طور خلاصه یک استراتژی کلی برای تخمین پارامترها را توضیح میدهیم. چندین نتیجه جدید ارائه شده است، و ما میخواهیم اذعان کنیم که بسیاری از نتایج آماری را می توان در Sorensen and Gianola (2002) پیدا کرد و بسیاری از جزئیات الگوریتم که اجرای خوب مدل را فراهم می کند، را می توان در Davis (2006) یافت. متن اصلی مقاله نرم افزار را با استفاده از یک مثال از آزمایش ژنتیکی کمی معرفی می کند. ما با مقایسه روش ها با WinBUGS (Spiegelhalter et al. 2003) کار را تمام کردیم و نتیجه گرفتیم که MCMCglmm نزدیک به 40 برابر در هر تکرار سریعتر است، و اندازه نمونهای 3 برابر بیشتر در هر تکرار دارد.
[1] Markov chain Monte Carlo
[2] Gaussian
[3] Poisson
[4] censored
[5] R Development Core Team
دانلود مقاله در مورد رفلاکس ادراری و درمان آندوسکوپیک آن با ماده جدید زیست محیط سازگار در سگ
| دسته بندی | دامپزشکی |
| فرمت فایل | doc |
| حجم فایل | 55 کیلو بایت |
| تعداد صفحات فایل | 120 |
*مقاله درمورد رفلاکس ادراری و درمان آندوسکوپیک آن با ماده جدید زیست محیط سازگار در سگ*
مقدمه
خلاصه فارسی
مروری بر منابع
مواد زیست سازگار
آندوسکوپی
Vur در سگ
مواد و روش کار
نتایج
دانشگاه تهران
دانشکده دامپزشکی
شماره ثبت سال تحصیلی 82-81
رساله
برای دریافت درجه دکترای تخصصی جراحی دامپزشکی
موضوع
رفلاکس ادراری و درمان آندوسکوپیک آن با ماده جدید زیست محیط سازگار در سگ
نگارش
دکتر مهدی مرجانی
به راهنمایی استاد ارجمند
جناب آقای دکتر جلال بختیاری
مقدمه:
برگشت ادرار از مثانه بداخل حالب و سیستم ادراری فوقانی تحت عنوان وزیکواوریتر رفلاکس(versico ureter reflex) یا vur در اطفال بمیزان 5/18- 5/0 درصد با بروز مشکل ادراری گزارش شده است که در مبتلایان به عفونت ادراری مکرر 50-24% گزارش شده است.(1)
در مدل حیوانی برگشت ادراری از مثانه به داخل حالب و سیستم ادراری فوقانی یا vur بیشتر در سگ های جوان در سن 4-3 ماهگی شایع است ولی با افزایش سن این بیماری در اکثر موارد خود به خود بهبود می یابد.(10)
در مطالعات وسیع و گسترده ای که در این رابطه روی انسان صورت گرفته vur بصورت اولیه و ثانویه بروز می کند. Vur نوع اولیه متعاقب نارسایی مادر زادی یا اکتسابی در مکانیسم دریچه محل اتصال حالب به مثانه(vuj = verisco ureterd junction) است ولی در vur نوع ثانویه اختلال آناتومیکی یا نوروژنیک یا فونکسیونل وجود دارد. بررسی های بیشتر نشان می دهد عامل ایجاد کننده برگشت ادرار بداخل حالب بعلت اختلال در عملکرد سیستم تخلیه ای ادرار است.(1)
وجود vur در انسان و مخصوصاً اطفال سبب بروز عفونت های مکرر ادراری ( سیتسیت، پیلونفریت)،اسکار کلیوی، اختلال در عملکرد کلیه ها و در نهایت تاخیر در رشد فیزیکی کودکان می گردد. بررسی های مختلف نشان داده است که vur درجه اول و دوم و حالت یکطرفه آن در اطفال 85-75% می باشد که گاهی این وضعیت بصورت خود به خودی درمان می شوند ولی در مورد vur درجه سوم تا پنجم که حدت و شدت بیماری بیشتر است نیاز به درمان های اختصاصی می باشد و امکان درمان خود به خودی آنها کمتر و حدود 30-25 % می باشد.(1)
بروزvur در سگ مواردی مانند طول قطعه حالب زیر مخاط مثانه، قطر ناحیه داخل مثانه ای حالب(interversical) ، نسبت طول حالب ناحیه داخل مثانه ای به پهنای آن، میزان انحناء و چین خوردگی سقف بخش پایین حالب(distal) ناحیه داخل مثانه ای که مانند دریچه عمل می کند، سالم بودن دتروزور(detrusor) در بخش حالب داخل مثانه، حرکات دودی حالب، فشار داخل مجرایی در حالب و مثانه دخالت دارند.(2)
برای تشخیص vur درسگ از روش تزریق ماده حاجب درداخل مثانه و تهیه رادیوگراف ازآن (سیستوگرافی)، retrograde urethrocys tography, maximum disrention ,voiding cystogrphy ,compression cystoure thrography ,cystourethrography می توان استفاده کرد ولی ساده ترین و راحت ترین روش که در این بررسی نیز از آن کمک گرفته شده، استفاده از مواد حاجب و تزریق آن با سوند ادراری بداخل مثانه (سیستوگرافی)است که در صورت وجود vur ، برگشت ماده حاجب و ورود ادرار همراه با آن از مثانه بداخل حالب مشاهده می گردد.(7)
در انسان برای تشخیص vur علاوه بر موارد ذکر شده فوق، در اطفال کشت ادرار، آزمایش ادرار،(voiding cystoureterography = vcug) ، سونوگرافی از کلیه ها و اسکن کلیه ها نیز توصیه می گردد. درمان vur در انسان با روش های دارویی(medical) یا جراحی(surgical) میباشد.
در روش درمان با دارو از تجویز آنتی بیوتیک ها با دوز پیشگیری از آموکسی سیلین و آمپی سیلین در هفته اول زندگی و پس از گذشت 6 هفته کوتریماکسازول و از دو ماهگی نیتروفورانتوئین استفاده می گردد.
پس از گذشت یک سه و هر 12 ماه یکبار انجام روش کشت ادرار انجام می شود و پس از تایید وضعیت نرمالvcug و سونوگرافی از کلیه و مثانه آنتی بیوتیک تراپی قطع می گردد.(1)
درمان با روش جراحی که در این پایان نامه بیشتر مورد نظر است در موارد زیر انجام می شود:
1ـ غیر قابل اعتماد بودن درمان بیمار از نظر مصرف دارو و عدم توالی آن، حوالی بلوغ، تاخیر در رشد فیزیکی اطفال و بیماران
دانلود مقاله در مورد رفلاکس ادراری و درمان آندوسکوپیک آن با ماده جدید زیست محیط سازگار در سگ
| دسته بندی | دامپزشکی |
| فرمت فایل | doc |
| حجم فایل | 55 کیلو بایت |
| تعداد صفحات فایل | 120 |
*مقاله درمورد رفلاکس ادراری و درمان آندوسکوپیک آن با ماده جدید زیست محیط سازگار در سگ*
مقدمه
خلاصه فارسی
مروری بر منابع
مواد زیست سازگار
آندوسکوپی
Vur در سگ
مواد و روش کار
نتایج
دانشگاه تهران
دانشکده دامپزشکی
شماره ثبت سال تحصیلی 82-81
رساله
برای دریافت درجه دکترای تخصصی جراحی دامپزشکی
موضوع
رفلاکس ادراری و درمان آندوسکوپیک آن با ماده جدید زیست محیط سازگار در سگ
نگارش
دکتر مهدی مرجانی
به راهنمایی استاد ارجمند
جناب آقای دکتر جلال بختیاری
مقدمه:
برگشت ادرار از مثانه بداخل حالب و سیستم ادراری فوقانی تحت عنوان وزیکواوریتر رفلاکس(versico ureter reflex) یا vur در اطفال بمیزان 5/18- 5/0 درصد با بروز مشکل ادراری گزارش شده است که در مبتلایان به عفونت ادراری مکرر 50-24% گزارش شده است.(1)
در مدل حیوانی برگشت ادراری از مثانه به داخل حالب و سیستم ادراری فوقانی یا vur بیشتر در سگ های جوان در سن 4-3 ماهگی شایع است ولی با افزایش سن این بیماری در اکثر موارد خود به خود بهبود می یابد.(10)
در مطالعات وسیع و گسترده ای که در این رابطه روی انسان صورت گرفته vur بصورت اولیه و ثانویه بروز می کند. Vur نوع اولیه متعاقب نارسایی مادر زادی یا اکتسابی در مکانیسم دریچه محل اتصال حالب به مثانه(vuj = verisco ureterd junction) است ولی در vur نوع ثانویه اختلال آناتومیکی یا نوروژنیک یا فونکسیونل وجود دارد. بررسی های بیشتر نشان می دهد عامل ایجاد کننده برگشت ادرار بداخل حالب بعلت اختلال در عملکرد سیستم تخلیه ای ادرار است.(1)
وجود vur در انسان و مخصوصاً اطفال سبب بروز عفونت های مکرر ادراری ( سیتسیت، پیلونفریت)،اسکار کلیوی، اختلال در عملکرد کلیه ها و در نهایت تاخیر در رشد فیزیکی کودکان می گردد. بررسی های مختلف نشان داده است که vur درجه اول و دوم و حالت یکطرفه آن در اطفال 85-75% می باشد که گاهی این وضعیت بصورت خود به خودی درمان می شوند ولی در مورد vur درجه سوم تا پنجم که حدت و شدت بیماری بیشتر است نیاز به درمان های اختصاصی می باشد و امکان درمان خود به خودی آنها کمتر و حدود 30-25 % می باشد.(1)
بروزvur در سگ مواردی مانند طول قطعه حالب زیر مخاط مثانه، قطر ناحیه داخل مثانه ای حالب(interversical) ، نسبت طول حالب ناحیه داخل مثانه ای به پهنای آن، میزان انحناء و چین خوردگی سقف بخش پایین حالب(distal) ناحیه داخل مثانه ای که مانند دریچه عمل می کند، سالم بودن دتروزور(detrusor) در بخش حالب داخل مثانه، حرکات دودی حالب، فشار داخل مجرایی در حالب و مثانه دخالت دارند.(2)
برای تشخیص vur درسگ از روش تزریق ماده حاجب درداخل مثانه و تهیه رادیوگراف ازآن (سیستوگرافی)، retrograde urethrocys tography, maximum disrention ,voiding cystogrphy ,compression cystoure thrography ,cystourethrography می توان استفاده کرد ولی ساده ترین و راحت ترین روش که در این بررسی نیز از آن کمک گرفته شده، استفاده از مواد حاجب و تزریق آن با سوند ادراری بداخل مثانه (سیستوگرافی)است که در صورت وجود vur ، برگشت ماده حاجب و ورود ادرار همراه با آن از مثانه بداخل حالب مشاهده می گردد.(7)
در انسان برای تشخیص vur علاوه بر موارد ذکر شده فوق، در اطفال کشت ادرار، آزمایش ادرار،(voiding cystoureterography = vcug) ، سونوگرافی از کلیه ها و اسکن کلیه ها نیز توصیه می گردد. درمان vur در انسان با روش های دارویی(medical) یا جراحی(surgical) میباشد.
در روش درمان با دارو از تجویز آنتی بیوتیک ها با دوز پیشگیری از آموکسی سیلین و آمپی سیلین در هفته اول زندگی و پس از گذشت 6 هفته کوتریماکسازول و از دو ماهگی نیتروفورانتوئین استفاده می گردد.
پس از گذشت یک سه و هر 12 ماه یکبار انجام روش کشت ادرار انجام می شود و پس از تایید وضعیت نرمالvcug و سونوگرافی از کلیه و مثانه آنتی بیوتیک تراپی قطع می گردد.(1)
درمان با روش جراحی که در این پایان نامه بیشتر مورد نظر است در موارد زیر انجام می شود:
1ـ غیر قابل اعتماد بودن درمان بیمار از نظر مصرف دارو و عدم توالی آن، حوالی بلوغ، تاخیر در رشد فیزیکی اطفال و بیماران